[Yustus]

Эта прога постоянно обменивается информацией с сервером через флеш-карту.

Эмм.. А это как? В конце рабочего дня флэшку изымают и везут к серверу для обработки данных?
Тогда должно быть достаточно вынимать флэшку после выключения компьютера.