[APOSTOL]

Ну раз уж файл запускается вручную, то скорее всего ошибки именно в PATH (в autoexec.bat)

Там должно быть что-нибудь вроде этого:

PATH C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\COMMAND

Дополнительные пути - через точку с запятой -  ;
Тогда система при загрузке и будет свой файл сама искать в этих папках.