Посмотри пути к папкам с ярлыками программ, исправь если надо:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders (string “
Common Programs” для всех юзеров)
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders (string “
Programs” для текущего юзера)
Не добавлять в меню Пуск общие ярлыки:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
DWORD
NoCommonGroups, значение 1 - ярлыки из общего меню не добавляются
P.S. в сервисе не ангелы сидят 
