Действительно не ясно в чем проблема. Самое простое решение в VirtualDub загружаем фильтр
Black Box (входит в
этот пакет фильтров, если я не ошибаюсь) и с помощью ползунков и окна предпросмотра закрываем ненужное. Все просто и наглядно. Потом через фреймсервер в TMPGEnc например. Того же эффекта легко достичь сочетанием Crop и AddBorders в AviSynth:
Crop(0,0,0,-X)
AddBorders(0,0,0,X)