[hasherfrog]

1. В конечном итоге это всегда "человеческий фактор". Хотя бы в лице невнимательных программистов. Но кто без греха?
2. Основная проблема (наиболее изученная, во всяком случае) - переполнение буфера.
3. Примеров полно в нете, см. пост Greyman'а