Дык, если ты в два прохода кодировать желаешь, надо ж с первого начинать, а не со второго
. Надо открыть конфиг кодека и выбрать "Twopass - 1st Pass" потом кликнуть more... указать путь к твоему .pass файлу. После сохранения получаешь .pass файлик, который нужен для второго прохода - "Twopass - 2nd Pass".
Если Premiere будет виснуть попробуй деактивировать отображение статуса кодирования - скромным юзерам опция сия абсолютно не нужна - Advanced Options/Debug/Убрать галку при Display Encoding Status.