Novikoff
В принципе, можно. Для того, чтобы включить в дистрибутив PE свои файлы нужно сложить их в какую-нибудь директорию и указать путь в строке Custom в PEBuilder.
Ну а потом любым пакетным файлом запускать можно. Опять же, это сработает с "простыми" приложениями не требующими инсталляции и записей в реестре.