[Pupkin]

Конвертировать из Нтфс в Фат нужно
1 из-под 32-разрядной среды (из винды ), лучше из-под родной
2 на разделе, который конвертите должно быть достаточно места (особенно если у вас стоит атрибут сжатый на многих файлах и папках)

По поводу конвертирования кодированных файлов - не уверен, что это возможно, хотя из-под родной системы может быть.
Однозначно скажу, что из-под доса никаких операций с нтфс- партицией, кроме удаления оной и создания новой вы не сделаете.

Удачи