Решение, помог один профи, публикую если кто-то столкнется с чем-то подобным. Пришлось править реестр.
Исправьте свой скопированный BCD загрузчик если он у вас кривой. В моем случае оказалось что всё с ним было норм, и нормально его поправил.
Например так:
Код:

Bcdedit /store h:/boot/bcd /set {bootmgr} device partition=H:
Bcdedit /store h:/boot/bcd /set {default} device partition=E:
Bcdedit /store h:/boot/bcd /set {default} osdevice partition=E:
1. Качаем HxD редактор чтобы посмотреть MBR нового диска (SSD нашего). Жмём открыть диск.
Находим наш жесткий диск (1,2,3), открываем (какой можно определить по количеству секторов справа вверху после открытия и в виктории поглядеть например).
2. По адресу (offset) 0x1B8, столбец 08 после нулей находим ID нашего нового SSD. Сохраняем его где-нибудь
Пример: 58 02 0E 64
3. Открываем regedit, выделяем в нём HKEY_LOCAL_MACHINE
потом выбираем файл -> загрузить куст
и открываем например: G:\Windows\System32\Config\System (с нового SSD)
оно попросит имя раздела (можно любое, NEW-SSD например), потом в HKEY_LOCAL_MACHINE появится папка с указанным именем с реестром другой винды
нас интересует раздел MountedDevices\
Находим там \DosDevices\E: (та буква диска что вы указали в BCD у нового системного диска с осью).
и там видим что неправильно указан ID, исправляем на тот что мы схоронили: 58 02 0E 64
Потом выделяем загруженную папку, файл -> выгрузить куст, и исправленный system записывается на новый SSD.
Всё.