[Sham]

Это всё конфигурация веб-сервера. Либо изучаете конфиги и соблюдаете правила расположения, либо делаете как хотите в файловой системе и под это пишете конфиг. Если в конфиге php-обработчику скормлены скрипты только из одной папки, то из другой папки вы увидите исходный текст скрипта, либо ничего, если настроен правильный запрет.