[Sham]

со split'ом ещё

Код:

$file = 'file.anc'
(Get-Content $file -Raw).trim('%') -split '%\r?\n?%' |
  ForEach-Object {
    '%{0}%' -f $_ |
    Set-Content -Path ($file -replace '\.\w+$', "$(++$c; $c)$&")
  }