Ну можно так попробовать (Powershell)
Сначала нужно создать файл с учётными данными для входа, чтобы потом на них сослаться в скрипте.
Код:

$cred = Get-Credential
$cred | Export-Clixml -Path "D:\temp\cred.xml"
Скрипт
Код:

$from = "D:\temp\from"
$to = "\\server\share"
$fileList = "D:\temp\log.txt"
$drive = "W"
$cred = Import-Clixml -Path "D:\temp\cred.xml"
New-PSDrive -Name $drive -PSProvider FileSystem -Root "$to" -Credential $cred
$allFiles = dir "$from" -Recurse |? psiscontainer -eq $false
$selectedFiles = $allFiles |? {(gc "$fileList") -NotContains $_.Name}
$selectedFiles |cp -Destination "$($drive + ":")"
$selectedFiles.name >> "$fileList"