[MKN]

YUEN HOIFEF,
Может в SetupComplete.cmd сначала создать задание на выполнение cmd установки твоих программ ?
или такую матрёшку :
в SetupComplete.cmd создаём ключ реестра, который при логоне запустит из RunOnce нужный cmd или скрипт, в котором (если предыдущее не сработает или нужны ещё какие то "последействия") опять же в RunOnce задать при логоне, запуск нужного cmd или скрипта.