EdMSL,
А может так попробовать?
Код:
Root: HKLM64; Subkey: "SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers"; ValueType: String; ValueName: "{app}\MO2\ModOrganizer.exe"; ValueData: "RUNASADMIN"; Flags: uninsdeletekey;
Может он у Вас просто в "SOFTWARE\WOW6432Node\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers" добавляет?