[DJ Mogarych]

Powershell. Здесь предполагается, что нумерация файлов всегда начинается с единицы. Учтено.

Код:

$txtFile1 = "C:\temp\1.txt"
$txtFile2 = "C:\temp\2.txt"
$resultFile = "C:\temp\result.txt"

function Get-ColNum {
param($txt,$marg)
[int]$c = (gc "$txt")[0] -replace '.+(\d{4}).+','$1'
    (gc "$txt") -match "$marg" -replace '[^\d\.]+' -replace '\..+' |% {
        $res += ,[pscustomobject]@{
            num = $c.tostring("0000")
            value = $_
        }
    $c++
    }
$res
}

$txt1 = Get-ColNum "$txtFile1" " MB$"
$txt2 = Get-ColNum "$txtFile2" "^Filesize"

$result = $txt1 |% {
    if ($match = $txt2 |? value -eq $_.value) {
        "$($_.num) - $($match.num -join ', ')"
    }
}

$result > "$resultFile"

v2 - исправлено некорректное сравнение размера
v3 - учтена возможность наличия цифр в расширении