[bredych]

... а банальное
ffmpeg -i video.mp4 -itsoffset 00:0:20.000 -i audio.aac -c:v copy -c:a aac output.mp4
или даже то же самое без оффсета - вроде бы кодит.. но второй файл вообще не слышен в результате.
Пробовал намеренно взять более короткий видео, чтоб звуковая дорожка была длиннее, но НЕ использовать флаг -shortest - всё равно заканчивается по видео, и дополнительного звука не слышно.