Я в своё время просто удалял файл со входящими (не помню, как называется). Но вообще есть
варианты.
upd: Documents and Settings\{Имя пользователя}\Local Settings\Application Data\Identities\{GUID}\Microsoft\Outlook Express\Входящие.dbx
Вообще, переходите на MS Outlook из состава MS Office. У него нет ограничения на размер папок.