ibarg, не понял ваш тезис. Накопитель в БИОСе виден. Если отформатировать его в GPT и скопировать на него папку EFI, скорее всего, БИОС его увидит и попытается загрузить (безуспешно, конечно).
Можно, конечно, посоветовать ТС провести соотвествующий эксперимент. Если он готов поработать из консоли diskpart-ом
Как вариант: сделать флешку с Acronis-ом, склонировать существующую систему на новый диск и попробовать с него загрузиться.
Если всё пройдёт нормально - тогда можно спокойно ставить на него чистую систему.
