вероятно, там ключевой кадр был. И кусок сцены от предыдущего ключевого кадра- просто теряется.
Отрезать можно и точно, ффмпегом, например.
Но чтоб эта часть не пропала, надо полностью перекодировать ролик. Да, теряя качество, само собой.
Если это вас не пугает, то пожалст -
ffmpeg -i input.mkv -t 00:15:00 out1.mkv -ss 00:15:00 -t 00:15:00 out2.mkv
дополнительно настройки качества, кодеков, т.д. - добавлять по желанию и вкусу
