Kopejkin, Не имея набора файлов (оба каталога для WGenPatDir.exe и каталог с файлами установленной программы), достаточного для сборки скрипта и теста результата, трудно сказать определённо.
Проблема только с пропатчиванием или также с секциями -Backup и -Main? Во втором случае стоит внимательно посмотреть на функцию CheckFile, она несколько путано написана.
Можно поискать проблемное место методом отключения ненужных для проверки частей скрипта и выводом отладочной информации через DetailPrint или в файл через FileWrite.
ЗЫ
Блок
Код:
Section
InitPluginsDir
SectionEnd
можно удалить, т.к. InitPluginsDir уже исполняется в .onInit
