Ну Вы же пишете, что из WinPE файловая система доступна, следовательно можно вытащить файлы оттуда.
Вариант №2 - сконвертировать VMDK в VHD (например с помощью qemu-img.exe) и уже в своей Windows подцепить вирт.диск и скопировать нужные файлы.
например с помощью Microsoft Virtual Machine Converter
Рабочая ссылка
http://download.microsoft.com/downlo...mvmc_setup.msi
Вот инструкция
https://lazyadmin.nl/it/convert-a-vm...o-hyper-v-vhd/
Кто-то конвертирует в VHD формат, кто-то в VHDX - экспериментируйте. Если Вы будете монтировать под Win10, то в VHD формат лучше конвертировать.
как запасные варианты - есть еще программы StarWind V2V Converter, Vembu BDR Suite, WinImage, VMware Converter, Backup Chain
