Для автоматизации у Кибердака есть ключи командной строки:
https://trac.cyberduck.io/wiki/help/en/howto/cli
Также, есть
rclone, полностью для командной строки.
В Кобиан бэкапе можно в задании настроить завершающие действия, вписав туда командную строку для выгрузки на S3 соответствующей программой.
