megaloman, здравствуйте.
Вероятность получить "древний" документ исключена. Устаревшие на заданную глубину дней документы в этих папках сначала переместятся в подпапки old (
http://forum.oszone.net/thread-349519.html ), следующему процессу они будут не видны.
Общее количество собираемых файлов менее 30. Какие-то формируются строго ежедневно, какие-то без четкой периодичности, по мере готовности.
Известны папки обновления, характер данных, форматы файлов. Для большинства известна структура наполнения. Имена файлов и количество - не подлежат систематизации из-за особенностей программ (как присваиваются имена) и личных предпочтений специалистов (когда и как обновляются - перезаписью или накапливанием, какие названия и т.д.).
Совпадение файлов по смыслу и источнику исключено, "смыслы" не пересекаются. Это не новостной сборщик, хотя можно, наверное, с доработкой применять батник и для таких задач.
Из собранных файлов постранично формируется несколько профильных файлов + общий документ, автоматизация с помощью конвертеров и Pdftk.