[mrcnn]

Если при переустановке не планируется форматировать винт, то ничего с файлами не случится.

Если же вы планируете форматировать и у вас только один винт с одним разделом, тогда вы можете поступить таким образом:
1. отдефрагментировать ваш винт, чтобы данные находились в начале винта. Если у вас windows 98, то проблемы с дефрагменитрованием не возникнет. Если же Windows 2000 /XP, то нужен такой сторонний дефрагментатор, который смог бы разместить данные в начале винта.
2. загрузиться с дискеты из под dos и с помощью программы fips.exe создать на винте еще один раздел, на который в винде перенести все нужные данные. После этого при установке винт можно отформатировать. Программа fips создает backup и в случае необходимости можно восстановить все, как было.