sNc-DAntES,
Код:

copy /y %~dp0StartLayoutW10.xml "%LOCALAPPDATA%\Microsoft\Windows\Shell"
powershell Import-StartLayout -LayoutPath $Env:LOCALAPPDATA\Microsoft\Windows\Shell\StartLayoutW10.xml -MountPath c:\
убери команду powershell, она копирует уже имеющийся StartLayoutW10.xml в его же место.
если юзать PS в батнике, то надо в кавычки взять команду -
Код:

powershell "Import-StartLayout –LayoutPath c:\1\LayoutModification.xml –MountPath c:\"