inco1,
В первом случае всё понятно и правильно - установщик запускается от имени пользователя с админскими привилегиями и CURRENT_USER здесь уже не наш пользователь, запустивший установщик.
Во втором случае тоже всё правильно - нефиг пользователю в системных папках делать, чай не 90-е на дворе
Для внесения изменений в реестр сразу всем пользователям можно воспользоваться готовым решением в виде
EnumUsersReg.nsh
