inco1, Нужно просто последовательно читать необходимые значения, с прерыванием последовательности в случае успеха.
В простейшем случае с проверкой на пустое/несуществующее значение:
Код:

ReadRegStr $R9 HKLM "SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\App Paths\test.exe" "Put"
StrCmp $R9 "" 0 +4
ReadRegStr $R9 HKLM "SOFTWARE\test" "Put"
StrCmp $R9 "" 0 +2
StrCpy $R9 "X:\путь\"