A555555, Нет ничего проще чем через Bat файл для конкретного файла что-то сделать. Сложнее понять, что Вы хотите получить. Я совершенно не знаю утилиту mkvmerge.exe и могу только очень приблизительно догадываться, как корректно нарисовать имя/путь файла в её параметрах. Вот вариант, но делал совершенно тупо и реально на Вашей утилите не проверял.
Код:

@Echo Off
cls
If Not Exist "%~1" (Echo File "%~1" not found &Pause &Exit /B 2)
Pushd "%~dp1"
Echo %CD% %1
mkvmerge.exe --output "%~n1/%~nx1" --audio-tracks rus --split size:4095M ( "%~nx1" )
Popd
Pause
Exit /B
Технология та же: затаскиваете конкретный файл мышкой на батник или на значок батника.