A555555,
Код:

@Echo Off
cls
Pushd %1 ||(Echo Folder "%~1" not correct &Pause &Exit /B 2)
CD
for %%f in ("*.mp4") do mkvmerge.exe --output "%%f.mkv" ( "%%~nf.m4a" ) --no-audio --no-subtitles --no-attachments ( "%%f" ) --track-order 1:0,0:0
Popd
Exit /B
На этот батник сделайте ярлык, например, на рабочем столе и затягивайте на него мышкой нужную папку.
Вашу строку никак не тестировал.