[Smarty]

MSI файл находиться рядом с setupcomplete.cmd »

Но запускаете вы msiexec.exe, который "рядом с собой" не находит пакета.
Пишите путь полностью

Код:

msiexec.exe /package "%SystemRoot%\Setup\Scripts\package.msi" /qn REBOOT=ReallySuppress