[A.A.Z.]

test009, попробуйте для каждого скрипта экзешник AutoHotkey переименовать, чтобы они все разные были
Если вдруг экзешники и имена у них уже и так разные, можно с помощью ResHacker поменять у них заголовок (вместо AutoHotkey Unicode 64-bit поставить Script 1, Script 2, и т.п.)

В противном случае не получится - тот же Chrome запускает кучу процессов с разной командной строкой, но Windows их считает, естественно, за одно приложение