[salikoff]

Petya V4sechkin, разрешения TrustedInstaller для папки CbsTemp ожидаемо не дали никакого эффекта. Зато ссылка на статью из блога Вадима очень мне помогла. Теперь я понимаю, что проблема заключается в службе криптографии, и она имеет многочисленные проявления по всей системе. Видно, и утилита CFC стала её жертвой.
Таким образом, можно сделать вывод, что на самом деле, никаких повреждений системных файлов нет, и хотя вывод CFC говорит нам об этом, на самом деле это не так, и вызвано сбоем в работе утилиты при попытке использования криптографических функций. Это подтверждается тем (я писал об этом в первоначальном посте), что при сканировании в автономном режиме из-под WinPE утилита не находит никаких ошибок.

К сожалению, совет из блога удалить папку catroot2, для её пересоздания не привёл к положительному результату. Папка пересоздаётся, проблема остаётся. Для исполняемых файлов система не может определить издателя. Из комментариев к посту видно, что подобное поведение наблюдается не только у меня одного. И возникает эта беда после неудачной попытки обновления и откате на точку восстановления. Поскольку никаких других способов исправления я не вижу, остаётся прибегнуть к тупому, прямолинейному способу — установке Windows поверх.
Чем я сейчас и займусь.