charon, Необходимо переделать USB Flash в USB HDD, чтобы можно было архивировать на нее систему через штатный функционал Винды. Можно через BootIce, например. Как-то так:
http://adminpe.ru/boot-usb/
Это из руководства по изготовлению загрузочного диска, так что на названия и объёмы не смотрите, скриншоты просто для примера, чтобы вы понимали куда тыкать в принципе надо.
По поводу переназначения папок. Если рухнет система, то на ваших данных это никак не отразится. Они как лежали в своих папках на рабочем столе и прочих местах, так и будут лежать. А если помрёт диск, то без разницы как-то уже где они там лежат. Умрёт все и сразу. Разве что на физически разные накопители разнести. Но это тот ещё изврат как по мне. Для сохранения данных используют регулярные бэкапы на другие носители или в облачные хранилища всё грузят. А не то, что вы сделали.