Дольше сообщение писал, чем разбирался самостоятельно 
В общем решение следующее. На эталонном ПК добавляем необходимые сайты в список сайтов, которые должны открываться в режиме совместимости.
Далее экспортируем ветку
Код:
HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\BrowserEmulation\ClearableListData
в .reg-файл и импортируем его в реестр на других ПК. Список сайтов располагается в параметре
UserFilter в двоичном виде.
