Проще всего сделать "батник" через вызов Powershell:
Код:

powershell -command "(gc D:\temp\log.txt -Encoding utf8) -replace 'Выход','2' -replace 'Вход','1' -replace '$','1' -replace '\"' -replace ' ',';' ^|Set-Content D:\temp\log.txt"
А что, надо убирать кавычки и разделять метку времени на две части?