[Iska]

shadowbat, ну, вот, я как-то вполне обхожусь Far Manager'ом с парой-тройкой плагинов плюс внешним CloneSpy для покрытия всего спектра своих задач по полуавтоматическому сравнению каталогов и файлов.

Для сортировки строк, занимающей длительное время, есть смысл применять либо System.Collections.ArrayList/System.Collections.Sortedlist из .Net (возможно, потребуется однократно зарегистрировать библиотеку), либо базу данных в памяти.