А потому что файл другой - у него первая строка пустая. Добавил дополнительную обработку исходного файла, чтобы пустые строки, если они есть вначале, удалялись.
Код:

$srcf = (gc 'C:\temp\1\test.csv-01.csv').where({$_ -match "[\w\d]"},'skipuntil')
$apstemp = 'C:\temp\1\apstemp.csv'
$clientstemp = 'C:\temp\1\clientstemp.csv'
$apsf = 'C:\temp\1\aps.csv'
$clientsf = 'C:\temp\1\clients.csv'
$srcf.where({$_ -notmatch "[\w\d]"},'Until') |ConvertFrom-Csv |export-csv "$apstemp" -NoTypeInformation -Append
$srcf.where({$_ -notmatch "[\w\d]"},'SkipUntil') |ConvertFrom-Csv |export-csv "$clientstemp" -NoTypeInformation -Append
import-csv "$apstemp" |sort BSSID -Unique |export-csv "$apsf" -NoTypeInformation -Delimiter ';'
import-csv "$clientstemp" |sort 'Station MAC' -Unique |export-csv "$clientsf" -NoTypeInformation -Delimiter ';'