без ограничений по кол-ву:
1. Не лезем в подпапки
Код:

@echo off
set "d_in=C:\papka_in"
set "d_out=C:\papka_out"
for /f "delims=" %%a in ('dir /a-d/b "%d_in%"') do call :l "%d_out%" "%d_in%\%%a"
exit
:l
setlocal
pushd "%~1"
if not exist "%~n2%n%%~x2" (>nul copy "%~2" "%~n2%n%%~x2"& del "%~2") else (set /a n+=1& goto l)
popd
endlocal
exit /b
2. Лезем в подпапки
Код:

@echo off
set "d_in=C:\papka_in"
set "d_out=C:\papka_out"
for /f "delims=" %%a in ('dir /a-d/b/s "%d_in%"') do call :l "%d_out%" "%%a"
exit
:l
setlocal
pushd "%~1"
if not exist "%~n2%n%%~x2" (>nul copy "%~2" "%~n2%n%%~x2"& del "%~2") else (set /a n+=1& goto l)
popd
endlocal
exit /b
в моем коде путь: "C:\papka_out" должен существовать или надо добавить строку (перед стр.5, в начале кода, после указания переменных)
Код:

if not exist "%d_out%" md "%d_out%"
если достаточно копировать. а не перемещать, то из стр.11 убрать:
& del "%~2"