MSR и так уже две штуки: 7 и 8 разделы, вреда от них никакого, пусть пока будут. Я ожидал, что он создастся сразу за ESP разделом, т.к. там 127 Мб свободного места.
Я не знаю, почему не грузится ОС. Вы во время загрузки флешку вытаскивали?
Дайте на всякий случай ещё раз посмотреть вашу конфигурацию загрузки, выполнив команду
bcdedit /store H:\EFI\Microsoft\Boot\BCD /enum all >D:\BCD.txt
и прислав файл BCD.txt, который появится в корне флешки.
Дайте ещё скрин нулевого сектора вашего HDD посмотреть из программы BootIce.
Скрытый текст
Первая вкладка программы Phisical disk > в поле Destination Disk выбрать ваш HDD > Sector Edit > дайте скрин появившегося окна