Wu-Tang,
Вероятно пак не производит проверку на наличие в системе KB4516655 как условие для
не установки KB4490628 - он просто проверяет есть ли в системе обновление, которое входит в пак, если его нет, то устанавливает. Смысл в этом безусловно есть, так как уже говорил, что при отсутствии KB4490628 невозможно установить само KB4516655 (возможно и ЦО продолжает предлагать KB4490628 после его удаления). Поэтому скрипт будет его удалять, а пак устанавливать

При необходимости KB4490628 можно добавить в список исключений для скрипта (~Exclude-6.1.txt).