[DJ Mogarych]

Ну как - выгружаете, обрабатываете, загружаете в другую базу, просто не нужно ничего сравнивать.
Вряд ли здесь кто-то напишет такой скрипт за вас - это достаточно сложная задача, к тому же, необходимо гораздо больше информации по задаче, планирование и изучение разных путей её решения.

Может быть, задача вообще должна решаться как-то по-другому, без промежуточных CSV.