DimonNT, попробуйте воспользоваться
Registry Usage - Windows Sysinternals | Microsoft Docs:
Цитата:
…
-h Load the specified hive file, perform the size calculation, then unload it and compress it.
…
|
Насколько я понимаю, утилита физически удаляет записи иерархической базы данных (коей, собственно, и является куст реестра), помеченные как удалённые, за счёт чего и происходит сокращение размера. Можете, например, загрузиться с установочного носителя (или какого-либо LiveCD) и проделать описанные манипуляции над искомым кустом реестра (загрузка со внешнего носителя — потому что куст не должен быть уже загружен перед операцией).
Пример
издевательства над пользовательским кустом 
:
P.S. Не забудьте сделать резервную копию файла куста перед любыми попытками манипуляции!
