Вариант (если папка назначения уже существует и в ней есть файлы с теми же именами, что перемещаются сюда — то будет появляться запрос на замену таких файлов; для замены без подтверждения, как и для замены файлов с атрибутом "только для чтения", потребуются дополнительные ключи для команды xcopy):
Код:

setlocal
set sourcedir=C:\UTM\transporter\transportDB
set destdir=D:\Server\Fasa2\UTM\transporter
if not exist "%destdir%\nul" md "%destdir%"
xcopy "%sourcedir%" "%destdir%\" /E /H /K
REM RD /S /Q "%sourcedir%"
Комментарий REM в последней строке, где должна удаляться исходная папка, поставлен временно: только для отладки; когда будет убеждение, что батник работает нормально — удалить слово REM и пробел после него.
Ну и для подавления вывода на экран можно добавить первой строкой:
@echo off.