Код:

@Echo Off
cls
If "%~1"=="" (
Set "Config=Z:\Soft_In\config.cfg"
) Else (
Set "Config=%~1"
)
If Not Exist "%Config%" (Echo File "%Config%" not found &Pause &Exit /B)
Set /A NConf=1000
FOR /F "usebackq delims=" %%s IN (`2^>nul more "%Config%"`) DO (
Set /A NConf+=1
Call Set "@@Conf%%NConf%%=%%s"
Set "%%s"
)
Set /A Replace=0
rem Отсутствуют файлы
Set /A NAbs=0
FOR %%f IN (%FControl%) DO If Not Exist "%%f" (
Set /A NAbs+=1
Call Set "@@NoFile%%NAbs%%=%%~f"
Echo File "%%~f" not found
)
Echo.
rem Отсутствующие файлы запомнили в переменных (если надо)
If Not %NAbs%==0 (Echo. &Set "@@NoFile")
Echo.
rem Удаляем файлы
FOR %%f IN (%DelFiles%) DO If Exist "%%f" Echo Del "%%~f"
If /I "%update_installed%"=="true" Call :autoupdate
rem Если какой-то параметр изменился, переписываем config
If Not %Replace%==0 (
>"%Config%" (FOR /F "usebackq tokens=1* delims==" %%i IN (`2^>nul Set "@@Conf"`) DO Echo %%j)
)
pause
GoTo :Eof
:autoupdate
Echo Делаем :autoupdate Соответственно указываем, что конфиг изменится
Call :Replace "update_installed" "false"
Exit /B
:Replace
FOR /F "usebackq tokens=1,2 delims==" %%i IN (`2^>nul Set "@@Conf"`) DO (
If /I "%%~j"=="%~1" (Set "%%~i=%%~j=%~2" &Set /A Replace+=1)
)
Exit /B
Каждой строке конфига соответствует переменная @@Conf1001, @@Conf1002 ...
В конфиге прописываются имена_переменной=значение
При изменении переменной из конфига в функции :Replace соответствующую переменную с префиксом @@Conf записывается измененная строка конфига
При наличии изменённых строк конфиг перепишется
Лишнее отображение информации можно убрать
Путь к конфигу можно указать в аргументе батника. Либо жестко прописать внутри
Пример конфига
Код:

FControl="D:\CMD_Forum\Box_In\3 Box_In.txt" C:\kuku.exe "Z:\Box_In\Errors\исходный файл.TXT" "D:\тра ля ля.doc"
DelFiles="Z:\Soft_Out\190124.csv" "Z:\Soft_Out\190125.csv" "Z:\Soft_Out\190126.csv"
update_installed=true