Вообще, пароли в линуксе хранятся в /etc/shadow или /etc/passwd, посмотри там, и убери их если надо, а потом зайти под этим юзером и выставь ему нужный пароль.
Я тоже, когда сидел под рутом, разные необъяснимые вещи с системой творились
Рут в линухе, в сочетании с кривыми руками юзера даст фору любому вирусу

. Это имхо, конечно

.