s.i.p.a, примеры в теме:
Calculate time difference in Windows batch file
Для себя использую упрощённый вариант без учёта локализации, с точностью до секунд (без сотых долей) и разницей в пределах 24 часов:
Код:

@Echo Off
SetLocal EnableDelayedExpansion
Set LogFile=timeLog.txt
Set Date1=!Date!
Set Time1=!Time:~0,-3!
Здесь вставьте команды, время выполнения которых надо измерить.
Set Date2=!Date!
Set Time2=!Time:~0,-3!
Set T1=!Time1: =0!
Set T2=!Time2: =0!
Set /A TimeDiff=1!T2:~6,2!-1!T1:~6,2!+60*^(1!T2:~3,2!-1!T1:~3,2!^)+3600*^(1!T2:~0,2!-1!T1:~0,2!^)
If !TimeDiff! LSS 0 Set /A TimeDiff+=86400
Set /A SS=TimeDiff%%60+100,TimeDiff/=60,MM=TimeDiff%%60+100,HH=TimeDiff/60
Set TimeDiff=!HH!:!MM:~1,2!:!SS:~1,2!
If Exist %LogFile% Echo.>>%LogFile%
(
If !Date1!==!Date2! (
Echo Начало: !Date1! !Time1: =! Завершение: !Time2: =!
) Else (
Echo Начало: !Date1! !Time1: =! Завершение: !Date2! !Time2: =!
)
Echo Время выполнения: !TimeDiff!
)>>%LogFile%