[kickman]

TSRh, пересчитал сейчас - это как раз повреждённые записи о тех файлах, про которые Вы решили, что они не нужны. Лучше бы глянуть дампы, иногда данные бывают сдвинуты (и тогда их можно починить), но тут, похоже, не тот случай. Возможно, нужные фрагменты MFT могут быть обнаружены полным сканированием в DMDE. Если хотите. Если быстро и с потерями, не разбираясь в причинах, то можно запускать чекдиск уже с ремонтом:
CHKDSK N: /F
После чистки этих записей он ещё будет чинить $Root, $Bitmap и некоторые другие метафайлы. Поэтому вывод текста будет обширным. Если он интересен, то можно сразу в файл направлять.
CHKDSK N: /F >>fix_N.log
Во время работы чекдиска в таком режиме ничего видно не будет, но файл лога при этом можно просматривать с помощью FAR практически в реальном времени.