[megaloman]

Alexander_88, Не понял, что Вы имеете ввиду. Имхо, перед : rem GoTo :Begin ваяйте код дальше.
Вообще, структура командного файла практически как у любой программы. Здесь:
Главная часть. Если есть процедуры, она должна завершиться или goto :eof или exit /b (подробнее exit /?)
Процедура оформляется как
:метка процедуры
goto :eof или exit /b
Никакие строки, написанные ниже, исполняться не будут - это совершенно нелогично. Туда программа просто не попадает. Если конечно, не извратиться и поставить там метку, на которую потом перейти по goto. Но это не наш путь, так можно и лоб расшибить