Я неверно понял задачу: считал, что ваши КМ КЖ папки только в корне R:
Попробуйте так:
Код:

@Echo Off
cls
Set "BoxIn=R:"
Set "MaskIn="*КЖ*.*" "*КМ*.*""
Set "BoxOut=Z:\Box_Out"
Pushd "%BoxIn%\"
FOR /F "usebackq delims=" %%d IN (`2^>nul Dir %MaskIn% /B /S /A:D`) DO (
Echo %%d
>nul xcopy "%%d\*.*" "%BoxOut%%%~pnxd\" /E /Q /Y /R /H /Z /D
)
Popd
pause
GoTo :Eof