Оформил старый батник как процедуру и вызываем её сколько нужно раз с временнЫми задержками с нужным списком параметров, можно с разным в следующих вызовах. В частности, можно и с одним "BufferSize=траляля"
Код:

@Echo Off
Set "cfgIn0=Box_In\nullDC.cfg"
Call :Main "BufferSize=2048" "Dreamcast.Region=333" "Dreamcast.Broadcast=444" "Dreamcast.RTC=5552127595098"
Timeout /T 5 >nul
rem ping -n 5 127.0.0.1>nul
Call :Main "BufferSize=4096" "Dreamcast.Region=aaa333" "Dreamcast.Broadcast=aaa444" "Dreamcast.RTC=aaa5552127595098"
GoTo :Eof
:Main
Set Rep=%*
Set "cfgIn=%~dp0"
FOR /F "usebackq delims=" %%j IN ('%cfgIn:~0,-1%') DO Set "cfgIn=%%~dpj%cfgIn0%"
If Not Exist "%cfgIn%" (
Echo:
Echo ????? File %cfgIn% not found !!!!!
Echo:
Exit /B 1
)
.....................................
.....................................
Таймаут организован утилитой Timeout (начиная, по крайней мере, с Win 7, она присутствует в системе. В противном случае таймаут можно организовать через Ping (в моём примере он закомментирован)
Если не хотите видеть аварийное сообщение (а это плохо, батник не работает, а в чём дело, не понятно) лучше не полностью убрать If, а сделать
Код:

If Not Exist "%cfgIn%" Exit /B 1
, чтобы сохранилась хотя бы предсказуемость работы скрипта